门户网站要实施SEO网站优化的工作有许多困难，网站管理者能够重视了SEO优化是很难得的，但是做起来很难能够真正优化到位，也很难发挥出最大的效果。主要有一下几个原因：
1. 门户网站优化的开始难度是SEOER对网站了解和所做的工作，合格的SEO要做好整站的优化工作就必须了解网站的产品，网站的架构，网站程序等。更好的利用这些去做网站分析、网站策划及优化等工作。这是一个比较大的工作量。 
2. SEOER的协调能力：在做庞大的网站优化工作是考验SEOER的沟通能力，因为需要改动的每个部分牵连着许多部门的工作，分析出优化方案需要得到各个部门的认同和许可，否则就是个失败的SEO优化方案。 
3. SEO优化执行力：千方百计说服了牵连的各部门领导，就需把方案移交技术部门去实施。如果重点部分不能实现就功亏一篑了。 
4. 数据的统计和分析：门户网站需要统计的数据量也是比较庞大的，这是一个繁重的又必须细心的工作，无论是前期优化工作的开始，到优化后期的数据分析和对比，都是个比较麻烦的工作，因为从这些数据中就可以找到网站优化过程中的不足或失败的地方，总结经验后及时调整优化策略，新一轮的优化工作即将开始。